El 25 de junio de 1903, la Congregación se reunió solemnemente en la Iglesia de la Veracruz para dar inicio público a la Congregación Siervas del Santísimo y de la Caridad, con una Eucaristía presidida por Mons. Pardo Vergara, quien bendijo e impuso las custodias que llevarían las nueve primeras religiosas sobre el pecho.

Sin embargo, la prosperidad inicial se vio afectada con la aplicación del decreto Dei Providentis de su Santidad Pío X, el 16 de julio de 1906, por parte de Mons. Manuel José Cayzedo, que restringía las facultades de los obispos para erigir nuevas congregaciones religiosas. Cayzedo suspendió el ingreso de nuevas aspirantes a las Siervas, proponiendo que se unieran a una congregación ya existente en Europa, propuesta que no tuvo acogida en la Medellín de principios del siglo XX. Solo el 28 de agosto de 1919, el Arzobispo Cayzedo permitió que las primeras doce religiosas emitieran los tres votos en manos del Vicario General.

En 1907, la Madre Filomena del Sagrado Corazón de Jesús fue elegida como Superiora General, en reemplazo de la Madre María Jesús Upegui Moreno, quien se dedicó en los años siguientes a continuar con la misión inicial de la Congregación, así como a la Adoración del Santísimo Sacramento. La Fundadora vivió y padeció en silencio las pruebas que enfrentó la Congregación, esperando su aprobación, hasta que el 7 de julio de 1921 celebró su pascua.

El 16 de febrero de 1925, la Congregación fundó su primera obra, la Casa de la Misericordia, marcando así el inicio de su expansión en número de obras y religiosas. Esta expansión era un requisito para la aprobación diocesana, lo cual era difícil de cumplir debido a la disposición que no permitía el ingreso de novicias. En julio de 1933, Mons. Manuel José Cayzedo autorizó la reapertura del noviciado y la recepción de postulantes.

En 1934, falleció la Madre Filomena del Sagrado Corazón de Jesús, siendo reemplazada por la Madre Ana Julia de Jesús, quien dirigió la búsqueda para obtener la aprobación diocesana. Hasta el año 1940, la Congregación fue solo una Pía Sociedad de Mujeres.

El 25 de marzo de 1936, el Excelentísimo Monseñor Tiberio Salazar y Herrera aprobó las constituciones y el 10 de diciembre de 1940, siguiendo un rescripto de la Sagrada Congregación de Religiosos, la Congregación Siervas del Santísimo y de la Caridad fue declarada instituto de Derecho Diocesano.

En 1967, el Rdo. Padre Carlos Eduardo Mesa Gómez (c.m.f) fue encargado de asesorar la Congregación para adaptarla a las normas dictadas por el Concilio Vaticano II. Esto condujo a la realización del Capítulo Especial del 23 de noviembre al 7 de diciembre de 1969, asesorado por el canonista Rdo. Padre Gerardo Escudero Valera (c.m.f).

Del Capítulo especial surgieron las Santas Constituciones y el Directorio, aprobados el 2 de febrero de 1971 por Monseñor Tulio Botero Salazar. La aprobación Pontificia llegó el 11 de enero de 1974, por el Cardenal Arturo Tavera Araos, siendo la Superiora General la Madre Ana María Gómez Salazar.

La Congregación siempre anheló tener una casa adecuada que sirviera de sede al Gobierno General y tuviera locales destinados a las diferentes etapas de formación. El 24 de octubre de 1987 se inauguró la edificación en el barrio Robledo en Medellín, con la celebración eucarística presidida por los sacerdotes Carlos Eduardo Mesa, David Restrepo y Arturo Cuervo. En esta ocasión, se entregó el nuevo texto de las Constituciones aprobadas definitivamente por la Santa Sede.

En agosto de 1994, la Madre Esther Consuelo Restrepo Aguirre, Superiora General de la Congregación, solicitó al Arzobispo Héctor Rueda Hernández iniciar el proceso diocesano para la Beatificación de la Madre María Upegui. Con el Decreto Arzobispal N°53 del 19 de octubre de 1994, se nombró la Comisión de Peritos en Historia y Archivística, y la de Censores Teólogos, y se inició la búsqueda de documentación.

El 14 de marzo de 1996, el Vicario Judicial Augusto Molina Jaramillo entregó un informe a la Congregación en el que comunicaba que el Decreto de Monseñor Joaquín Pardo Vergara en marzo de 1901 era un documento de gran importancia para la Comunidad fundada por la Madre María Jesús Upegui Moreno.

En el año 2006, se inició un proceso de renovación de las Constituciones, en el que todas las Provincias trabajaron en conjunto realizando un estudio detallado y un equipo central, acompañado por el Canonista Carmelita Rdo. Padre William Bustamante, se encargó de la organización y redacción de las Constituciones. Después de algunas sugerencias realizadas por el Dicasterio, la Congregación recibió el Decreto de aprobación de las Constituciones de la Sagrada Congregación según Prot. N. 25016/2013, el 23 de octubre de 2013.

Desde el año 2013, con el Gobierno de la Madre Olga Elena Pérez Areiza, la Congregación ha estado profundizando en la vida y obra de la Fundadora y Cofundadoras, en el Carisma y espiritualidad de la Congregación, revitalizando su presencia y misiones, especialmente la Adoración al Santísimo Sacramento. También se ha revalorizado el patrimonio histórico de las Siervas del Santísimo y de la Caridad con la publicación del “Compendio histórico y biográfico de la Sierva de Dios María Jesús Upegui Moreno” de la historiadora María Catalina Nicholls, así como la organización y difusión de los archivos y el museo de la Congregación.

Actualmente, la Congregación sigue extendiendo el Carisma de adoración y servicio en Colombia, Venezuela, Ecuador, Italia, España, Brasil, Chile y México, con un total de 283 religiosas, 6 exclaustradas con permiso y 10 jóvenes en formación. Cuenta con 46 casas locales y otras obras apostólicas, que incluyen la comunión y visita a los enfermos en la Clínica Pablo Tobón Uribe, catequesis en varias parroquias, misiones en Semana Santa y Navidad, y varios oratorios de adoración al Santísimo Sacramento.