El colegio San José fue fundado en Santiago de Cali, el 9 de octubre de 1955, por iniciativa del Padre Francisco Arango Posada, sacerdote claretiano y la Congregación Siervas del Santísimo y la Caridad, representada en la Madre Mariela Restrepo Borja, la Madre Josefina Jaramillo (Q. E. P.D.), la Madre Socorro Franco (Q.E.P.D) y Hna. Amantina Carmona.

En el año 1956 se dio apertura a una sección de secundaria con orientación comercial y se trasladó el colegio Instituto Clarete, al sitio donde hoy se encuentra, se cambia el nombre de Instituto Claret, por colegio San José y queda de propiedad de la Congregación Siervas del Santísimo y de la Caridad.

El 24 de abril de 1958, por resolución 1631 del Ministerio de Educación Nacional, aprueba los primeros años.
En 1960 sale la primera promoción de Expertas en Comercio, el día 23 de julio.

En julio de 1964, el colegio entrega la primera promoción de Bachilleres. Con la resolución 1193 de mayo 22 de 1967, el Ministerio de Educación Nacional, aprueba los estudios realizados en el colegio y lo autoriza para expedir diplomas de bachillerato académico y técnico comercial.

Desde sus comienzos el personal fue cimentándose en valores Eucarísticos y Humano – cristianos que los fueron fortaleciendo en el Amor de Dios y de sus hermanos, acompañados de una sabia dirección y crecimiento en virtud y ciencia, con religiosas de excelente calidad humana y talento espiritual, que se proyectaron y continúan proyectando su carisma eucarístico y caritativo, a través de tres grandes pilares de espiritualidad Upeguiana y Josefina: “La Sagrada Eucaristía, María Inmaculada y San José”

En septiembre de 1982, se trasladó la sección de comercio y bachillerato académico, a la sede del refugio, debido a que el personal aumentó y la planta física no abastecía las necesidades del numeroso personal que había.

Año 2000 Refundación del bachillerato en la sede Champagnat e inauguración de Pre-escolar y básica Primaria en el Refugio, con igualdad de cobertura en las dos sedes e instituciones.

La primera promoción de la Refundación en el Champagnat, se dio en junio de 2006, en la modalidad de Bachiller con énfasis en gestión contable y actualmente por resolución 4143.2.21.0664 de febrero 20 de 2007, se otorga el título de “BACHILLER COMERCIAL EN AUXILIAR CONTABLE” y con razón social COLEGIO SAN JOSÉ- CHAMPAGNAT.

En al año 2008 se comienza con los niños a partir del grado preescolar, convirtiéndose el Colegio en Mixto hasta la actualidad, donde ya se cuenta con hombres en todos los grados: Preescolar, Primaria y Secundaria.

El Colegio se ha destacado por su alto desempeño académico y posicionamiento en la sociedad, promoviendo una nueva organización escolar, creando ambientes propicios para aprender significativamente, integrando todos los procesos institucionales, fortaleciendo la cultura del conocimiento y la convivencia, dando identidad y sentido a la Institución Educativa; dinamizando la planeación institucional y encaminando sus esfuerzos a responder a los más nobles ideales de la iglesia católica y de la sociedad, mediante el ejercicio de la democracia y de la autonomía, la recuperación y valoración de la propia identidad, reconociendo al mismo tiempo la interculturalidad, la flexibilidad y apertura en los procesos y la dimensión lúdica.

Durante estos 53 años de existencia se han graduado alrededor de cuatro mil estudiantes, la mayoría de las cuales son profesionales de gran reconocimiento y otras estudian en prestantes universidades, del departamento y del país con un excelente desempeño académico y gran calidad humana. Contamos con docentes bien calificados y dotados de grandes cualidades humanas y cristianas, ricos en valores y sentimientos de nobleza, los cuales son fruto de una profesión que ejercen con vocación y gran sentido de pertenencia con la institución que representan.